在生物體內有一類酶，它們能將外來的DNA切斷，即能夠限制異源DNA的侵入并使之失去活力，但對自己的DNA卻無損害作用，這樣可以保護細胞原有的遺傳信息。由于這種切割作用是在DNA分子內部進行的，故名限制性內切酶（簡稱限制酶）。限制酶是基因工程中所用的重要切割工具。科學家已從原核生物中分離出了許多種限制酶，并且已經商品化，在基因工程中廣泛使用。根據限制酶切割的特點，可將它們分為兩大類：一類是切割部位無特異性的；另一類是可特異性地識別核苷酸序列，即只能在一定的DNA序列上進行切割。這種能被特異性識別的切割部位都具有回文序列，也就是在切割部位，一條鏈正向讀的堿基順序與另一條鏈反向讀的順序*一致，如圖3?8所示DNA的堿基順序。在基因工程中使用的多數是后一類酶。限制酶在特定切割部位進行切割時，按照切割的方式，又可以分為錯位切和平切兩種。錯位切一般是在兩條鏈的不同部位切割，中間相隔幾個核苷酸，切下后的兩端形成一種回文式的單鏈末端，這個末端能與具有互補堿基的目的基因的DNA片段連結，故稱為黏性末端。這種酶在基因工程中應用zui多。另一種是在兩條鏈的特定序列的相同部位切割，形成一個無黏性末端的平口。