強酸、強堿使蛋白質變性，是因為強酸、強堿可以使蛋白質中的氫鍵斷裂。也可以和游離的氨基或羧基形成鹽，在變化過程中也有化學鍵的斷裂和生成，因此，可以看作是一個化學變化。
蛋白質是由多種氨基酸通過肽鍵構成的高分子化合物，在蛋白質分子中各氨基酸的結合順序稱為一級結構：蛋白質的同一多肽鏈中的氨基和酰基之間可以形成氫鍵，使得這一多肽鏈具有一定的構象，這些稱為蛋白質的二級結構；多肽鏈之間又可互相扭曲折疊起來構成特定形狀的排列稱為三級結構，三級結構是與二硫鍵，氫鍵等著的。